88チームによるノックアウト方式
J1／19チーム、J2／20チーム、アマチュアシード／2チーム（※）、都道府県代表／47チーム
※JFL選出／Honda FC、大学連盟選出／明治大学
| 1回戦 | 5月25日(土)、26日(日)［予備日 5月29日(水)］ |
| 2回戦 | 6月12日(水)［予備日 6月19日(水)］ |
| 3回戦 | 7月10日(水)［予備日 7月17日(水)］ |
| ラウンド16 | 8月21日(水)［予備日 8月28日(水)］ |
| 準々決勝 | 9月18日(水)［予備日 9月11日(水)、25日(水)］ |
| 準決勝 | 10月27日(日) |
| 決勝 | 11月23日(土) |
Honda FC［9年連続44回目の出場］／JFL
明治大学［第99回（2019年）大会以来15回目の出場］／大学連盟
【北海道】北海道十勝スカイアース［3年ぶり2回目］
【青森】ヴァンラーレ八戸［4年連続12回目］
【岩手】いわてグルージャ盛岡［4年連続17回目］
【宮城】ソニー仙台FC［5年連続25回目］
【秋田】猿田興業［第101回（2021年）大会以来3回目］
【山形】大山サッカークラブ［第101回（2021年）大会以来3回目］
【福島】福島ユナイテッドFC［3年連続12回目］
【茨城】筑波大学［3年連続34回目］
【栃木】栃木シティ［2年連続14回目］
【群馬】tonan前橋［2年連続8回目］
【埼玉】大宮アルディージャ［4年連続29回目］
【千葉】ブリオベッカ浦安［3年連続7回目］
【東京】横河武蔵野FC［4年ぶり6回目］
【神奈川】SC相模原［2年連続3回目］
【新潟】JAPANサッカーカレッジ［第95回（2015年）大会以来14回目］
【富山】カターレ富山［4年連続15回目］
【石川】ツエーゲン金沢［4年連続20回目］
【福井】福井ユナイテッドF［13年連続16回目］
【山梨】山梨学院大学PEGASUS［3年連続6回目］
【長野】AC長野パルセイロ［2年連続12回目］
【静岡】アスルクラロ沼津［2年連続3回目］
【愛知】中京大学［2年ぶり8回目］
【三重】ヴィアティン三重［2年連続4回目］
【岐阜】FC岐阜［4年連続18回目］
【滋賀】びわこ成蹊スポーツ大学［3年ぶり7回目］
【京都】京都産業大学［第96回（2016年）大会以来6回目］
【大阪】関西大学［3年連続19回目］
【兵庫】甲南大学［第79回（1999年）大会以来2回目］
【奈良】奈良クラブ［3年連続15回目］
【和歌山】アルテリーヴォ和歌山［16年連続16回目］
【鳥取】ガイナーレ鳥取［4年連続26回目］
【島根】ベルガロッソいわみ［2年連続3回目］
【岡山】三菱水島FC［2年連続16回目］
【広島】福山シティFC［2年ぶり4回目］
【山口】FCバレイン下関［2年連続4回目］
【徳島】FC徳島［9年連続9回目］
【香川】カマタマーレ讃岐［2年連続24回目］
【愛媛】FC今治［4年連続14回目］
【高知】高知ユナイテッドSC［9年連続9回目］
【福岡】ギラヴァンツ北九州［4年連続15回目］
【佐賀】川副クラブ［3年ぶり4回目］
【長崎】三菱重工長崎SC［2年連続11回目］
【熊本】東海大学熊本［2年連続5回目］
【大分】ジェイリースFC［初出場］
【宮崎】テゲバジャーロ宮崎［2年連続4回目］
【鹿児島】鹿屋体育大学［第100回（2020年）大会以来13回目］
【沖縄】沖縄SV［2年ぶり5回目］
| 1 | カターレ富山(富山県代表) vs 関西大学(大阪府代表) | 高岡スポーツコア サッカー･ラグビー場 |
| 2 | いわてグルージャ盛岡(岩手県代表) vs 北海道十勝スカイアース(北海道代表) | いわぎんスタジアム |
| 3 | 筑波大学(茨城県代表) vs 明治大学(アマチュアシード） | ケーズデンキスタジアム水戸 |
| 4 | FC徳島(徳島県代表) vs ジェイリースFC(大分県代表) | 鳴門･大塚スポーツパークポカリスエットスタジアム |
| 5 | 鹿屋体育大学(鹿児島県代表) vs ギラヴァンツ北九州(福岡県代表) | OSAKO YUYA stadium |
| 6 | 三菱水島FC(岡山県代表) vs カマタマーレ讃岐(香川県代表) | 福山通運ローズスタジアム |
| 7 | 奈良クラブ(奈良県代表) vs 京都産業大学(京都府代表) | ロートフィールド奈良 |
| 8 | 高知ユナイテッドSC(高知県代表) vs ベルガロッソいわみ(島根県代表) | 高知県立春野総合運動公園球技場 |
| 9 | ヴァンラーレ八戸(青森県代表) vs ブリオベッカ浦安(千葉県代表) | プライフーズスタジアム |
| 10 | アルテリーヴォ和歌山(和歌山県代表) vs JAPANサッカーカレッジ(新潟県代表) | 和歌山県紀三井寺公園陸上競技場 |
| 11 | 福井ユナイテッドFC(福井県代表) vs 大宮アルディージャ(埼玉県代表) | テクノポート福井スタジアム |
| 12 | 東海大学熊本(熊本県代表) vs 三菱重工長崎SC(長崎県代表) | 熊本市水前寺競技場 |
| 13 | FC岐阜(岐阜県代表) vs アスルクラロ沼津(静岡県代表) | 岐阜メモリアルセンター長良川球技メドウ |
| 14 | 福島ユナイテッドFC(福島県代表) vs 大山サッカークラブ(山形県代表) | Jヴィレッジスタジアム |
| 15 | テゲバジャーロ宮崎(宮崎県代表) vs 川副クラブ(佐賀県代表) | いちご宮崎新富サッカー場 |
| 16 | ソニー仙台FC(宮城県代表) vs tonan前橋(群馬県代表) | みやぎ生協めぐみ野サッカー場･Bグラウンド |
| 17 | ヴィアティン三重(三重県代表) vs FC今治(愛媛県代表) | LA・PITA東員スタジアム |
| 18 | びわこ成蹊スポーツ大学(滋賀県代表) vs 中京大学(愛知県代表) | 平和堂HATOスタジアム |
| 19 | ガイナーレ鳥取(鳥取県代表) vs FCバレイン下関(山口県代表) | Ａｘｉｓバードスタジアム |
| 20 | ツエーゲン金沢(石川県代表) vs 甲南大学(兵庫県代表) | 金沢ゴーゴーカレースタジアム |
| 21 | AC長野パルセイロ(長野県代表) vs 猿田興業(秋田県代表) | サンプロ アルウィン |
| 22 | 福山シティFC(広島県代表) vs 沖縄SV(沖縄県代表) | エディオンピースウイング広島 |
| 23 | 栃木シティ(栃木県代表) vs 横河武蔵野FC(東京都代表) | 栃木県グリーンスタジアム |
| 24 | SC相模原(神奈川県代表) vs 山梨学院大学PEGASUS(山梨県代表) | レモンガススタジアム平塚 |
| 25 | ヴィッセル神戸(J1) vs カターレ富山(富山県代表) | ノエビアスタジアム神戸 |
| 26 | 徳島ヴォルティス(J2) vs ベガルタ仙台(J2) | 鳴門･大塚スポーツパークポカリスエットスタジアム |
| 27 | 柏レイソル(J1) vs いわてグルージャ盛岡(岩手県代表) | 三協フロンテア柏スタジアム |
| 28 | FC町田ゼルビア(J1) vs 筑波大学(茨城県代表) | 町田ＧＩＯＮスタジアム |
| 29 | セレッソ大阪(J1) vs ジェイリースFC(大分県代表) | ヨドコウ桜スタジアム |
| 30 | ヴァンフォーレ甲府(J2) vs Honda FC(アマチュアシード) | ＪＩＴ リサイクルインク スタジアム |
| 31 | アルビレックス新潟(J1) vs ギラヴァンツ北九州(福岡県代表) | デンカビッグスワンスタジアム |
| 32 | V・ファーレン長崎(J2) vs カマタマーレ讃岐(香川県代表) | トランスコスモススタジアム長崎 |
| 33 | 鹿島アントラーズ(J1) vs 奈良クラブ(奈良県代表) | 茨城県立カシマサッカースタジアム |
| 34 | 藤枝MYFC(J2) vs 栃木SC(J2) | 藤枝総合運動公園 サッカー場 |
| 35 | サガン鳥栖(J1) vs 高知ユナイテッドSC(高知県代表) | 駅前不動産スタジアム |
| 36 | 横浜FC(J2) vs ヴァンラーレ八戸(青森県代表) | ニッパツ三ツ沢球技場 |
| 37 | 名古屋グランパス(J1) vs JAPANサッカーカレッジ(新潟県代表) | 豊田スタジアム |
| 38 | ザスパ群馬(J2) vs レノファ山口FC(J2) | 正田醤油スタジアム群馬 |
| 39 | 京都サンガF.C.(J1) vs 大宮アルディージャ(埼玉県代表) | たけびしスタジアム京都 |
| 40 | 清水エスパルス(J2) vs 三菱重工長崎SC(長崎県代表) | ＩＡＩスタジアム日本平 |
| 41 | 横浜F･マリノス(J1) vs FC岐阜(岐阜県代表) | 岐阜メモリアルセンター長良川競技場 |
| 42 | ロアッソ熊本(J2) vs 水戸ホーリーホック(J2) | えがお健康スタジアム |
| 43 | ガンバ大阪(J1) vs 福島ユナイテッドFC(福島県代表) | パナソニック スタジアム 吹田 |
| 44 | ジュビロ磐田(J1) vs テゲバジャーロ宮崎(宮崎県代表) | ヤマハスタジアム（磐田） |
| 45 | 川崎フロンターレ(J1) vs ソニー仙台FC(宮城県代表) | Uvanceとどろきスタジアム by Fujitsu |
| 46 | 大分トリニータ(J2) vs 鹿児島ユナイテッドFC(J2) | レゾナックドーム大分 |
| 47 | FC東京(J1) vs ヴィアティン三重(三重県代表) | 味の素スタジアム |
| 48 | ジェフユナイテッド千葉(J2) vs 中京大学(愛知県代表) | フクダ電子アリーナ |
| 49 | サンフレッチェ広島(J1) vs FCバレイン下関(山口県代表) | 福山通運ローズスタジアム |
| 50 | ブラウブリッツ秋田(J2) vs いわきFC(J2) | ソユースタジアム |
| 51 | 湘南ベルマーレ(J1) vs 甲南大学(兵庫県代表) | レモンガススタジアム平塚 |
| 52 | 東京ヴェルディ(J1) vs AC長野パルセイロ(長野県代表) | 味の素フィールド西が丘 |
| 53 | アビスパ福岡(J1) vs 福山シティFC(広島県代表) | ベスト電器スタジアム |
| 54 | ファジアーノ岡山(J2) vs 愛媛FC(J2) | シティライトスタジアム |
| 55 | 北海道コンサドーレ札幌(J1) vs 栃木シティ(栃木県代表) | 札幌ドーム |
| 56 | モンテディオ山形(J2) vs SC相模原(神奈川県代表) | ＮＤソフトスタジアム山形 |